MetaPhlAn是一种物种注释工具，可从宏基因组鸟枪测序数据（即非16S）中分析微生物群落（细菌，古细菌和真核生物）的组成。使用StrainPhlAn，还可以执行准确的菌株级微生物分析。
MetaPhlAn使用序列比对marker基因，来获得相对丰度信息，相对于其他策略而言，物种检出较少，但假阳性较低，只能检出数据库内的物种。
年nature已经发了一篇metaphlan4的文章了，可见metaphlan这个软件是一个一直在更新维护的软件。
接着我给大家分享一些我自己的安装使用心得。
一、创建conda环境
condacreate--namempa-cbiocondapython=3.7
这一步可能时间有点久，-name后面可以是其他的，python最好是3.7吧
二、安装metaphlan4
接着我们要进入创建好的conda环境
sourceactivatempa
condainstall-cbiocondametaphlan
用这个命令会直接安装最新的metaphlan（这一步贼久，还有可能安装不好，网络快就可以安装，当然先用这个试一下）。实在用conda安装不好可以用pipinstall（狗头）。
三、安装数据库
metaphlan--install
运行这一步就可以安装最新的数据库了，推荐不用这个方法安装数据库，可以用我下面的方法。
可以直接去